فیلم خانه ارواح، داستان شاهرخ و مرتضی است که در روز ۲۸مرداد ۱۳۳۲ در یک زایشگاه به دنیا می‌آیند و سال ها بعد در روزهای جنگ ایران و‌عراق و بمباران شهرها، به طور اتفاقی سر راه هم قرار می‌گیرند و وارد خانه‌ای متروکه روبروی همان زایشگاه می‌شوند. ورود آنها به این خانه و مواجهه با صاحبان قدیمی این خانه در دوره‌های تاریخی مختلف، سرآغاز ماجراهایی عجیب و می‌شود، که شاهرخ و مرتضی را درگیر حل آنها می‌سازد.